Vom 27. bis 29. Februar 1988 kam es in der Industriestadt Sumgait (damals 260.000 Einwohner) zu einem Pogrom, der erst nach 40 Stunden von sowjetischem Militär aus Baku unterbunden wurde, das zudem den Befehl erhielt, nicht hart gegen die Tausende Menschen zählenden Totschlägerbanden vorzugehen. Die örtliche Polizei dagegen blieb untätig oder schaute billigend zu, wie Armenier gehetzt und ermordet werden; von den Soldaten festgenommene Straftäter ließ sie wieder frei. Dutzende Zivilisten, die meisten Armenier, wurden ermordet, viele davon nach unsäglichen Foltern in aller Öffentlichkeit lebendig verbrannt. Hunderte erlitten Verletzungen, viele blieben dauerhaft behindert. Eine große Zahl minderjähriger Mädchen wurde vergewaltigt. Über 200 Wohnungen wurden ausgeraubt und demoliert.

Weder in Moskau, noch in Baku gelang eine politische oder juristische Aufarbeitung der organisierten Massengewalt. Zwar wurden in den folgenden Monaten in Sumgait Hunderte Untersuchungsverfahren eingeleitet, aber armenische Staatsanwälte durften nicht ermitteln, und Zeugen fühlten sich von den Sumgaiter Behörden massiv unter Druck gesetzt. Weder auf lokaler, noch regionaler Ebene wurden die politisch Verantwortlichen zur Rechenschaft gezogen. Am 02.03.1993 schlug schließlich das Büro des aserbaidschanischen Generalstaatsanwalts dem damaligen Präsidenten Eltschibej eine Generalamnestie für die Sumgaiter Pogromtäter vor. Im Ergebnis kam es bald zu Wiederholungen: So wurden noch im November 1988 die etwa 40.000 Armenier in Kirowabad angegriffen, vertrieben bzw. seit dem 24.11.1988 von der sowjetischen Armee evakuiert. Allein in Kirowabad registrierten die Behörden seit dem 22.11.1988 siebzig Versuche, einen Armenierpogrom zu organisieren. Über sechzig armenische Wohnungen wurden in Brand gesetzt. Ein Blutbad wie in Sumgait wurde hauptsächlich dadurch verhindert, dass die Armenier in Kirowabad größtenteils in eigenen Vierteln lebten. Frauen und Kinder aus anderen Vierteln suchten in einer armenischen Kirche Zuflucht, die von einigen sowjetischen Soldaten geschützt wurde. Auch in der acht Kilometer entfernten Kreisstadt Chanlar legten Aserbaidschaner an mehrere Armenierwohnungen Feuer. Über 500 armenische Frauen und Kinder mussten mit Armeehubschraubern und –lastwagen aus Nachitschewan evakuiert werden.

Trotz des über Baku, Kirowabad und Nachitschewan seit dem 23.11.1988 verhängten Kriegsrechts kam es in Baku zu Massenkundgebungen, unter anderem mit der Forderung, die Autonomie des AGBK aufzuheben. Öffentlich forderten Demonstranten „Tod den Armeniern!“ Gewaltakte häuften sich nun auch in Baku, wo sich die Lage noch dadurch verschärfte, dass bis zu 100.000 meist obdachlose aserbaidschanische Flüchtlinge aus Sowjetarmenien in der Stadt eingetroffen waren. Innerhalb von zwei Jahren wurden mithin fast sämtliche in Aserbaidschan lebenden Armenier durch Terror und Gewalt zur Flucht getrieben oder mussten von der Armee evakuiert werden: etwa 350.000 von insgesamt 475.000 Armeniern nach der offiziellen sowjetischen Volkszählung von 1979, die auch die im AGBK lebenden Armenier einschloss.

Am 21. September 1988 verhängte die sowjetische Zentralregierung den Ausnahmezustand über das AGBK und hob damit eine Reihe von Bürger- bzw. Grundrechten auf. Am 12.01.1989 unterstellte die Volksvertretung der UdSSR, der Oberste Sowjet, Berg-Karabach der direkten Herrschaft der Zentralregierung. Arkadij Wolskij, ein Vertrauter M. Gorbatschows, wurde zum Sonderbevollmächtigten ernannt. Er zeigte sich erschüttert vom Elend, das er dort vorfand und äußerte, nirgends in der Sowjetunion eine so vernachlässigte Region gesehen zu haben. Doch seine Politik blieb halbherzig und stützte sich auf alte Unterdrückungsmuster: Als erstes entließ Wolskij den politischen unbequemen Gebietssowjet und ersetzte ihn durch ein fünfköpfiges „Sonder-Organisationskomitee“, in dem die absolute armenische Bevölkerungsmehrheit mit nur zwei Vertretern repräsentiert war. Die aserbaidschanische Minderheit verweigerte dem Statthalter Moskaus die Zusammenarbeit.

Sowjetaserbaidschan hob am 28.11.1989 durch Beschluss des Obersten Sowjets der Republik die Sonderverwaltung Moskaus wieder auf und unterstellte Berg-Karabach vollständig Aserbaidschan. Lediglich Sondertruppen des zentralen sowjetischen Innenministeriums (OMON) sowie eine Einheit der Sowjetarmee blieben im AGBK stationiert. Zahlreiche Menschenrechtsverletzungen der sich zunehmend verselbständigenden Truppen gingen auf das Konto dieser Einheiten: willkürliche Festnahmen und Haftstrafen bis zu 30 Tagen ohne ordentlichen Gerichtsbeschluss, Rechtsbeistand oder im Schnellverfahren, die massenhafte Misshandlung politischer Gefangener, Razzien und Hausdurchsuchungen in armenischen Dörfern, bei denen Soldaten unter dem Vorwand der Suche nach Waffen oder der „Passkontrolle“ – seit 1989 durften sich nur noch amtlich dort registrierte Armenier im AGBK aufhalten – die Haushalte ausplünderten, Sparkassenbücher und Wertgegenstände raubten und mutwillig das Mobiliar zerschlugen sowie gezielte und ungezielte Schüsse auf Passanten in Wohngegenden abgaben.

Am 25. Juli 1990 forderte Staatspräsident Gorbatschow die Regierungen der Unionsrepubliken ultimativ und per Dekret an, „nicht in der sowjetischen Verfassung vorgesehene bewaffnete Gruppen“ zu entwaffnen und zu neutralisieren. Das lieferte der sowjet-aserbaidschanischen Regierung die gesetzliche Grundlage, ab September 1990 aserbaidschanische OMON-Einheiten in das AGBK zu schicken. Diese führten den Gorbatschowschen Entwaffnungsbefehl als ‚ethnische Säuberung’ durch. Sie begannen mit den nordwestlich an das AGBK angrenzenden Bezirken Daschkessan, Kedabek, Chanlar und Schahumjan (1991 umbenannt in Geranboj), wo sich bis Ende 1988 noch etwa 40.000 armenische Einwohner allen Vertreibungsversuchen widersetzt hatten.

Eine erste Massenflucht aus dem nördlichen Berg-Karabach setzte im November 1988 ein; ein Großteil floh nach Armenien, wo viele in die Bezirksstadt Spitak umkamen, die am 07. Dezember 1988 zum Epizentrum eines heftigen Erdbebens wurde. In den Bezirken Schahumjan und Chanlar widersetzten sich weiterhin etwa 20.000 Armenier. Im Winter 1989/90 mussten die Dörfer Asad und Kamo aufgegeben werden, nachdem sie wochenlang eingekesselt waren und unter Beschuss gelegen hatten. Im folgenden Frühjahr, ab April 1991, vertrieben aserbaidschanische OMON- und KGB-Einheiten mit Unterstützung sowjetischer Truppen während ihrer „Operation Ring“ die Einwohner von 25 weiteren armenischen Dörfern inner- und außerhalb des AGBK. Die Vorgehensweise war stereotyp: Erst wurde der Strom abgeschaltet, danach umstellten Panzer und Panzerwagen der Innenministeriumstruppen (später der 23. Division der 4. Sowjetarmee) die Dörfer, über denen Hubschreiber kreisten. Anschließend rückten OMON-Angehörige sowie aserbaidschanische Zivilisten in die Dörfer ein, raubten sie aus, vergewaltigten Frauen und terrorisierten die Einwohner so lange, bis sie Erklärungen über ihre „freiwillige Ausreise“ unterzeichneten. Schließlich verfrachtete man sie an die armenische Grenze und überließ sie ihrem weiteren Schicksal.

Die Angaben über die Zahl der solcherart Vertriebenen schwanken zwischen 5.000 bis 10.000, während ein aserbaidschanischer Sprecher am 22. Mai 1991 auf einer Pressekonferenz in Moskau über die vorläufigen Ergebnisse der „Operation Ring“ in Moskau bekannt gab, es sei notwendig gewesen, 32.000 Menschen aus Karabach auszusiedeln. 140 bis 170 Armenier starben während dieser brutal durchgeführten Zwangsaussiedlung oder er-langen in Armenien ihren Verletzungen. Über 600 wurden als Geiseln verschleppt, Dutzende als vermeintliche Terroristen inhaftiert. Fast alle Verschleppten wurden gefoltert. Fünf der damals Verschleppten wurden am 19.03.1992 in Baku zum Tode verurteilt. Auch wenn diese Urteile mit Rücksicht auf die internationale Öffentlichkeit nicht vollstreckt wurden, kam es in den folgenden Jahren zu extralegalen Hinrichtungen an 15 armenischen Häftlingen aus dem AGBK. Eine Untersuchung der Menschenrechtskommission des russischen Parlaments wertete die „Operation Ring“ als Genozid im Sinne der UN Konvention.